1. มะละกอตัวผู้ ลักษณะดอก: ดอกมีขนาดเล็กและค่อนข้างเรียวยาว ออกเป็นช่อแตกแขนงจำนวนมาก ก้านช่อยาวห้อยออกจากลำต้น และภายในดอกไม่มีรังไข่ที่สมบูรณ์ ลักษณะการติดผล: โดยทั่วไปต้นตัวผู้จะไม่ติดผล แต่อาจมีบางต้นที่มีดอกสมบูรณ์เพศปะปนและติดผลเล็ก ๆ รูปทรงยาวหรือผิดรูปได้ จึงควรใช้ลักษณะช่อดอกเป็นหลักในการจำแนก 2. มะละกอตัวเมีย ลักษณะดอก: ดอกใหญ่ กลีบดอกค่อนข้างกว้าง โคนดอกอวบป่อง เห็นส่วนของรังไข่ชัดเจน ดอกอยู่เดี่ยวหรือเป็นกลุ่มเล็ก ๆ ชิดลำต้น และมีก้านดอกสั้น ลักษณะการติดผล: เมื่อได้รับละอองเกสรจากต้นตัวผู้หรือต้นกะเทยจะติดผลได้ดี ผลมักมีทรงกลม รูปไข่ หรือค่อนข้างป้อม และมีโพรงเมล็ดกว้างกว่าผลจากต้นกะเทย 3. มะละกอกะเทย ลักษณะดอก: ดอกเรียวยาวกว่าดอกตัวเมีย ก้านดอกสั้นและอยู่ใกล้ลำต้น ภายในดอกมีทั้งเกสรตัวผู้และเกสรตัวเมีย สามารถผสมเกสรภายในดอกเดียวกันได้ ลักษณะการติดผล: ผลมักมีทรงยาวหรือทรงกระบอก เนื้อมะละกอค่อนข้างหนาและโพรงเมล็ดแคบ จึงเป็นเพศที่นิยมเก็บไว้ปลูกเพื่อให้ได้ผลทรงสวยและสม่ำเสมอ ข้อควรสังเกตเพิ่มเติม: ไม่ควรด่วนตัดสินจากดอกเพียงดอกเดียว ควรคอยสังเกตหลาย ๆ ดอก เนื่องจากอุณหภูมิ ความชื้น ช่วงแสง และความเครียดอาจส่งผลให้ต้นกะเทยสร้างดอกที่มีลักษณะเปลี่ยนแปลงได้ และรูปร่างผลยังขึ้นอยู่กับสายพันธุ์กับสภาพแวดล้อมด้วย